Muzeu Historik i Shkodrës ka nisur të organizohet që në vitin 1947 (nën emërtimin "Muzeu Popullor"), por mori formë të plotë më 1949. Ai u vendos në qendër të qytetit, në një ndërtesë monumentale të shek 19, vlerat e së cilës ia shtonte "Kulla e Sahatit" bashkëngjitur me të.

Si bazë e eksponateve shërbyen objektet arkeologjike dhe etnografike të dy koleksioneve të pasura të Kuvendit Jezuit e atij Françeskan, themeluar që nga fundi i shek.19 si dhe materiale të tjera kryesisht etnografike e historike të familjeve shkodrane. Më 1953, me pasurimin e mëtejshëm të tij u bë riorganizimi i tij e ndahet në disa sektorë, ku për shkak të ideologjizimit, përparësi merr ai i Luftës Nacional-Çlirimtare dhe i ndërtimit socialist.Gjatë viteve në vazhdim ngrihen muze dhe shtëpi-muze të tjera, duke formuar një rrjet prej 7 qendrash muzeale.

Pas ndërrimit të sistemit, me reformat e thella që u ndërmorën në fillim të viteve '90 dhe për pasojë shtëpitë ku ishin ngritur muzetë iu kthyen ish pronarëve, ky rrjet muzeal u shpërbë, duke mbetur në funksion vetëm Muzeu qëndror ku u grumbulluan të gjitha objektet muzeale të qendrave muzeale të mëparëshme. Muzeu Historik u transferua në banesën monumentale të sapo restauruar (shëpi karakteristike shkodrane që mban emrin "Oso Kuka), ku ndodhet edhe sot. Vazhdoi të funksionojëedhe Muzeu i Kalasë "Rozafa". Në vitet '70 në këtë institucion u përfshi Fototeka "Marubi".

Sektori i arkeologjisë

Në nëntor të vitit 2002 u përurua Pavioni i Arkeologjisë në Muzeun Historik të Shkodrës, fryt i bashkëpunimit me Universitetin e Firences (Itali). Sipas një projekti të përbashkët, duke shfrytëzuar hapësirat e katit përdhes të ndërtesës, të përbërë prej dy sallash, me elementë arkitekturorë tradicionalë e me vlera origjinale të punimit të gurit e drurit, gërshetuar me panelat metalike ekspozuese, realizohet kombinimi ikonstruksioneve të traditës me ato moderne. Ndriçimi individual i objekteve të vendosur brenda kubeve prej qelqi, vë në dukjemirë ato dhe krijon efekte emocinale duke e futur vizitorin në një mjedis të vërtetë lashtësie.

Sektori i arkeologjisë është i vendosur në katin përdhesë të godinës, me sallat ekspozuese dhe atë të fondeve. Fondi arkeologjik përmban rreth 500 objekte, nga të cilët rreth 200, ndër më të përzgjedhurit, janë të ekspozuar ndersa pjesa tjetër ruhet në fond. Objektet arkeologjike muzeale të këtij sektori përfaqësojnë të gjitha periudhat historike, nga Neoliti (6000 vjet P.K.) deri në Mesjetën e vonë (shek.XVI). Ato kanë një shtrirje gjeografike që përfshin krejt pellgun e Shkodrës. Një pjesë e mirë e tyre vjen nga gjetje të rastit, por ka edhe objeke që vijnë nga gërmimet arkeologjike të ekspeditave të kryera në këtë territor

Në aspektin funksional objektet mund të klasifikohen si: vegla pune, enë të përdorimit shtëpiak e të transportit, objekte kulti, armë luftarake, stoli, objekte varrezash, arkitekturore, monedha e medalje. Një pjesë e tyre janë me vlera të spikatura artistike. Përsa i përket materialit të përdorur, ato janë të punuar në strall, gurë, mermer, kockë, qeramikë, metale, qelq etj.

Ka objekte të prodhimit lokal, por edhe të ardhura përmes shkëmbimeve tregtare me vende të afërta e të largëta.

Kjo ekspozitë do t'u shërbejë si vizitorëve vendas, e sidomos nxënësve e studentëve,të cilët mund të shohin konkretisht historinë e lashtë e vlerat e krijuara nga brezat paraardhës , ashtu edhe vizitorëve të huaj që duan të njihen me traditat historike e kulturore të qytetit e të krahinës së Shkodrës.

Muzeu vë në dispozicion të vizitorëve shpjegim të kualifikuar dhe materiale udhëzuese e promocionale të mjaftueshme.

Sektori i Historisë

Sektori i Historisë përmban Arkivin dokumentar dhe relike të karakterit historik. Në rrjetin muzeal të Shqipërisë është ndër më të pasurit. Ai ndahet në 55 fonde. Dokumentacioni ka të dhëna për gjithë Prefekturën e Shkodrës e më gjërë. Pjesa kryesore është në origjinal dhe e shkruar në shqip, italisht, frëngjisht, gjermanisht e serbisht.

Lënda që përmban është e karakterit historik, ekonomik, kulturor, artistik, gjuhësor, arsimor, administrativ, muzeor, shoqëror, memorialistik. Aty ruhen edhe përkthime në shqip e botimet e bëra nga Muzeu pas vitit 1949.

Pjesë e Arkivit është edhe videoteka me materiale historike të filmuara në Arkivin Qëndror të Shtetit e me imazhe të tjera (gjithësejt mbi 3000). Gjithashtu, fonoteka me koleksionin e pllakave të para të gramafonit, të regjistruara në Shkodër pas vitit 1953, dhe regjistrime orale të kujtesës historike. Një koleksion më vete përbëjnë fotografitë, ku janë fiksuar ngjarje, personazhe individuale ose në grup, monumente të ndryshme, personalitete të historisë etj.

Dokumenti më i vjetër konsiderohet një pergamenë katër faqesh ende e padeshifruar, për të cilin mendohet se daton në shek.XII - XIV.

Dokumentacioni tjetër i shkruar vazhon me fillimin e shek.XIX, ku veçohen shkrime me alfabetin e vjetër të Shkodrës (1827).

Pranë Muzeut ruhet dhe një koleksion me objekte të artit të pikturës e skulpturës (105 punime).Veçohet një basoreliev mesjetar, i punuar në dru, që paraqet Jezu Krishtin me 12 Apostujt, me tekste në alfabetin cirilik. Veprat e tjera, shumica të punuara me bojra vaji i datojnë fundit të shek.XIX e vazhdojnë deri më sot.

Fondi i objekteve historike të Muzeut përbëhet nga 4 koleksione kryesore që dokumentojnë periudhën nga shek.XV deri më sot

1. Koleksioni i armëve: Përmban armë të të gjitha llojeve, prodhime vendi ose importi.

Artileri e lehtë (topa të vegjël),shek.XIV - XV.

• Artileri e lehtë (topa të vegjël),shek.XIV - XV.
• Armë zjarri, krahu ose brezi të shek.XVII e në vazhdim.
• Armë të ftohta tipesh të ndryshëm,shek.XVIII - XX.pede. Ut a metus.
• Predha furioze metalike të madhësive të ndryshme (veçohen predhat prej guri të shek.XV, më masivet - deri më 600 kg.)

2. Koleksioni i relikeve: Lidhet me ngjarje historike e personalitete të shquara të qytetit e krahinës së Shkodrës (ndër to: të L.Gurakuqit, P.Vasës, Sh.Gjeçovit, B.Currit, D.Boriçit, Migjenit)

3. Koleksioni i vulave: Lidhen me veprimtarinë e institucioneve shtetrore, fetare a të individëve të ndryshëm të qytetit e të krahinës së Shkodrës, por edhe të shtetevetë huaja.

4. Koleksioni numizmatik (monedha e kartëmonedha të periudhës moderne): Përmban prerje monetare ose letra me vlerë të Shqipërisë e tëdisa shteteve që kanë patur marëdhënie politike apo tregtare me Shkodrën apo Shqipërinë (shek.XIX - XX ). Këtu veçohen kartëmonedhat e prera e të qarkulluara në Shkodër më 1920, kur qyteti iu bashkua përfundimisht shtetit shqiptar.

Sektori i Etnografisë

Ky sekor ka një fond prej rreth 1500 objektesh që u përkasin shek.18 - 20. Ato janë prodhime artizanale të qytetit të Shkodrës e zonave gjeo-etnografike të pellgut të tij: Dukagjinit, M.Madhe, Shllakut, Postrribës, Zadrimës, Anamalit, Krajës si dhe të krahinave të Pukës e të Mirditës.

Një pjesë e tyre janë prodhuar nga individë të familjeve qytetare apo fshatare, kurse pjesa tjetër prodhime të mjeshtërve të punishteve artizananale të qytetit të Shkodrës duke ndjekur traditën shekullore vendase, por edhe me elementë të rinj, të ndikuar nga kontaktet me kultura të huaja, në kohë të ndryshme.

Materialet e përdorura për punimin e tyre janë kryesisht të burimit vendas, por janë përdorur edhe materiale importi, kryesisht në prodhimet qytetare e më tepër në kohë të vona, me futjennë treg të materialeve të industrializuara.

Objektet janë të klasifikuara sipas funksionit në:

Tekstile (veshje komplete ose elemente veshjesh, sende mobilimi të ambienteve shtëpiake, si qylyma,perde, mbulesa tryeze, shtretrish.,strishe muri, etj.). Ruhen rreth 500 njësi, në një gjendje relativisht të mirë konservimi.

Në punimin e tyre është përdorur dendur leshi, mëndafshi natyror, pambuku, liri, duke kryer ciklin e plotë të procesit në vend, sipas teknikave tradicionale, natyrisht në një proces evolutiv të tyre. Vlen të theksohet se ato shquhen për origjinalitet, dekoracion të pasur, plot simbolikë e kolorit. Në mënyrë të veçantë vlera të rralla artistike përmbajnë veshjet, ku shpesh është përdorur filigrana me nuanca të shumta ngjyrash. Po kështu qëndisjet me dorë të të pëlhurave prej mëndafshi, liri e pambuku të shamive,këllefëve, çarçafëve etj.

Orendi druri me gdhenie si rafte, tryeza, karrige, elementë dekorativë të interiorit të banesave, me motive gjeometrike, floreale e zoomorfe. Gjithësejt ruhen rreth 35 objekte të tilla.

Enë të përdorimit të përditshëm, si kupa, pjata, tepsi,enë uji,etj, tangarë zjarri, të punuara në dru, qeramikë, porcelan, metale etj. Ato i përkasin jetës së fshatit, kryesisht asaj baritore si dhe asaj qytetare.Prej tyre ruhen rreth 120objekte.

Objekte prej guri, elementë të eksteriorit të shtëpive qytetare, si gryka pusi, lugje, enë masive depozitimi, pjesë arkitekturore banesash etj, të gdhendura me motive interesante e me forma origjinale.

Vegla pune të mjeshtrive të ndryshme, të kovaçit, argjendarit, lëkurpunuesit, bakërpunueit,drugëdhendësit, armëpunuesit, etj. Ruhen rreth 200 objekte të tilla.

Vegla muzikore tradicionale si lahuta, qifteli, fyej, zumare, saze etj. Ruhen rreth 50 copë.

Ka edhe objekte të importuara kryesisht nga Italia e Turqia, sidomos paisje e orendi të shtëpisë qytetare shkodrane: llampadarë, vazo, enë kuzhine e tryeze.

Bibliblioteka e Muzeut

Biblioteka e Muzeut që në themelimin e saj u ka shërbyer dhe u shërben jo vetëm punonjësve të brendëshëm, por edhe bashkëpuntorëve të tij e studjuesve të tjerë të jashtëm.

Ajo ka arritur të sigurojë një fond relativisht të pasur që mbulon të gjitha fushat e Albanologjisë, por edhe literaturë tjetër, të autorëve shqiptarë e të huaj, në shumë gjuhë të botës, duke numëruar rreth 15.000 tituj.

Librat më të vjetër i përkasin shekullit të 17-të, mund të përmendim librin "Dottrina Christiana" të P.Budit (1618), libri "Istoria di Giorgio Castrioto detto Scander - Begh" i G.Biemm-it (1742).

Një vend të veçantë zënë koleksionet e librave, revistave e gazetave periodike që nisin nga fundi i shek 19.

Fondi prej mbi 2000 vëllimesh i bibliotekës  të familjes "Pipa" dhuruar Muzeut Historik të Shkodrës, ia ka rritur edhe më shumë vlerat kësaj biblioteke. Përmendim këtu, veçanërisht koleksionin "Albania" të F.Konicës dhe koleksionin "Shejzat" të E.Koliqit. 

Veprimtaritë shkencore e promovuese

Muzeu Historik i Shkodrës ka grumbulluar tashmë një eksperiencë të mirë përsa i përket organizimit të veprimtarive shkencore, duke bashkëpunuar ngusht me institucione shkencore- kulturore e intelektualë të qytetit si dhe studjues vendas apo të huaj që hulumtojnë për historinë e traditat tona të pasura lokale.

Veprimtaria kryesore në këtë sferë mbetet Seminari Ndërkombëtar "Shkodra në Shekuj", i cili në vitin 2002 realizoi me sukses tubimin e pestë periodik të tij.

Deri tani institucioni ka arritur të hedhë në shtyp materialet e katër seminareve të para (gjithësejt 8 vëllime) dhe po përgatitet të hedhë në shtyp ato të seminarit të pestë.

Një aspekt tjetër është organizimi i simpoziumeve e konferencave shkencore që hedhin dritë rreth ngjarjeve e personaliteteve të historisë, kulturës e artit shkodran e kombëtar, materialet e të cilave finalizohen në botime monografike.

Muzeu vazhdon botimin e revistës shkencore- divulgative "Kumtari" që ka nisur në vitet '70 dhe ka arritur në numrin e 8-të të saj.

Hapat e parë janë hedhur edhe në botimin e guidave e materialeve të tjera promocionuese të karakterit turistik, si kontribut në zhvillimin e turizmit në qytetin e Shkodrës e zonën përreth. Ndër këto shënojmë: "Shkodra-guidë"(1994), albumi me kartolina "Fletore të ikonografisë shqiptare (I)" dhe është në shtyp një tjetër guidë, "Kështjella "Rozafa".

Përsa i përket publikimeve promocionale nga arkivi "Marubi" mund të përmendim albumin "Gjurmë të Historisë Kombëtare në Fototekën Marubi" (1982), Albumin "Albanie, Visage des Balkans", realizuar në bashkëpunim me Ministrinë e Kulturës të Francës në vitin 1995 si dhe albumin “Marubi” botuar në bashkëpunim me Ministrinë e Kulturës Rinisë dhe Sporteve në tetor të vitit 2003.